阮元家庙的整个建筑是严格按照《大清会典》的规定建造的，正前方所供奉的是阮氏高祖、曾祖、祖父、和父亲的牌位。在两旁所供奉的是小妾的牌位。头顶上方的这块匾额：亮功锡祜,是在阮元七十寿辰，道光皇帝赏赐给他的，当然也包括在这里的36个福字它们所体现的都是阮氏家族的气节。在家庙里十分值得一看的是隋文选楼，它位于家庙的西北角，是阮元用于藏书、治学的场所，它的门窗都是采用扬州传统的花格窗形式，既保持了阮元故居的完整性，又展示了与我们扬州深厚的渊源。前方的这块石碑是为了纪念当时在我们扬州所创立的一些学派的。两侧的建筑，左手边的叫东庑，在里面展示的是中国封建历史上家庙的演变过程及介绍了祠堂和祭祀的规制。旁边的西庑所展示的是阮氏家族迁至扬州的家族史和供奉阮元的孙辈和曾孙辈的地方。